馬偕在台工作雖三十年不到，而且兩度回國述職佔其四年之久。但他除了宣教有令人欣羨的成績外，對社會文化影之深遠，可說是當代宣教士中無人出其右者。其在台工作可分為三期。一為初抵淡水的1872年到1880年第一次回國，這八年可說是拓荒的時期，他涉險犯難、勇往直前，開拓了21所教會，培訓了近二十名幹部，也完成了以偕醫館(滬尾偕醫館)為主的社會醫服務體系。不僅為自己在台打穩基礎，也讓加拿大母會對海外宣教建立信心，不僅先後派兩位助理宣教士到淡水，也提供他足夠的資源。
他在淡水初以龍目井地為基地，1875年後開始以砲台埔(滬尾砲台)為主要基地。但此時的馬卻是一個探險家，他幾乎都在旅行中，也二上大雪山、 登北方三島、初訪宜蘭。不過最大的冒險，卻是決定娶台灣女子為妻，做台灣人的女婿。
第二是1882年回國，到1903年風風光光的二度回國。他再設立了49所教會，尤其以噶瑪蘭的宣教為主要特色(佔34所)，他也完成以牛津學堂(真理大學－理學堂大書院)和女學堂為主的教育體系，讓淡水砲台埔成為宣教大躍進時代的大本營。
雖然其中有中法戰爭這場劫難，但災後劉銘傳主政的時代，卻也進八他宣教和個人聲望的高峰期，他成了官府和士紳的座上賓受盡尊榮。此時他三訪花蓮奇萊，行腳已遍及全台。而最重要的是得吳威廉牧師夫婦，這個他意想不到的得力助手。這十年是成長、茁狀和收成的時期。
第三是1896年至1901年，這末後的六年為轉型的年代，他主要工作是在改朝換代後的調適與應變。他摸索前進，除了宣慰各教會， 也協助日本信徒建立教會，不過他的宣教工作幾乎零成長。但是，他所深信的上帝，卻是要把新時的宣教工作，交給他的後繼者來做了。
跋山涉水的探險家
馬偕博士除了宣教、醫療和教育、也是一個台灣的旅行探險家。實際上他在台灣大部份的時光都是在旅行中渡過。他在旅行中所留下來的文字和影像，已成為研究清未台灣最豐富、最權威，更是不可式缺的第一手資料。
他認為旅行踏查是傳教的主要工作，也自認為他個人傳教方式在台灣的成功和充滿浪漫性，最大特色在勸於旅行訪查。他在書中說「…我們屢次從淡水出去旅行，依次訪問各教堂，並且考察更遠的地區。這是我們的佈道工作最重要的一部份。佈道的責任雖然是交給駐在各教堂的本地牧師們，但在組織及經營上則需要督導。定期的訪問足於鼓勵牧師和會眾。我不獨自旅行，常帶了一批學生同去，這樣可以使他們熟習工作的情形，學習佈道的方法。」
他一到淡水兩天後，就開始近一個月的北部大旅行踏查他的教區，那次旅行他遠到埔里日月潭。接著一年內兩次登大雪山，那是外國人足跡未到之處，他也到過彭家嶼，棉花嶼，花瓶嶼等北方三島，甚至在龜山島建立教會。並且越過三貂嶺到宜蘭平原先後達二十餘次，甚至還連續三年由宜蘭下東海岸到後山花蓮。此外，他率學生到台灣南部開會時，也是選擇徙步方式下南部。他新婚時以兩個禮拜的旅行作為他的蜜月最為人所樂道。
在台灣旅行是危險的，道路、橋樑和客棧的水準是外國人難於想像的，除了山河險峻，土匪的劫殺，原住民出草，瘴氣和虐疾之外，惡劣的氣候和落後的衛生環境更是殺手，必須有過人的體力，毅力和適應力，說他是偉大的旅行探險家實不為過。
化為台灣的泥土
1895年，馬偕剛過半百之齡，在那個年代算是老人了，該有所打算。他做了一件該做的事──就是出書。回憶他在台灣二十幾年精彩的作為。
他一開頭就說出:「遙遠的台灣是我所愛的地方。我最好的年月是在該島上消磨的，我生活的樂趣也是集中於該處。我喜歡仰望它巍峨的山峰，令視它深廣的谿壑，泛舟於它波濤凶湧的海上。我喜愛它黑皮膚的人民─漢人、平埔番和生番──在他們中間走了二十年，宣傳耶穌的福音。為了要以福音教導他們，我不止一千次情願犧牲我的生命」。
很明顯的，馬偕一到台灣就沒有回國的想法，不只六年後就娶本地女子為妻，以便安家落戶。兩個女兒也都嫁給台灣人，甚至第二次回台後的1896年，還在砲台埔北側購得 五千坪土地為私產，準備養老之用。實際上他回台灣在其國人前講的話中也有濃厚的永別之意「…..我將再往遠東，蒙上帝的引導，到太平洋那邊我所愛的台灣之家。我希望在那裹消磨我的餘年，我為主服務的時日完了之後，我將在台灣的海浪之聲所及之處，在搖擺的竹蔭下得一永眠之所」。可惜，講完這些話的五年後，一場病痛整整折磨他一年之久，走得相當匆忙，連遺言都沒有，僅在他原擬為養老之地撥了一塊地，作為他和家人、學生的「永眠之所」，也化為台灣的泥土遂其心願(馬偕墓園)。
死後的三十年後，他的獨子偕叡廉在地紀念馬偕來台六十週年的電台訪問中，以他父親的遺囑來作總結。
我衷心所愛的台灣啊!我把有生之年全獻給妳
我的生趣在於此
我衷心難分難捨的台灣啊!我把有生之年全獻給妳
我望穿雲霧、看見群山
我從雲中的隙口俯視大地，
遠眺波濤大海、遠眺彼方──我好喜歡在此遠眺!
誠願在我奉獻生涯終了時
在那大浪拍岸的聲響中
在那竹林搖曳的陰影下
找到我的歸宿…………………
來源：(蘇文魁)
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